Rostlinná virologie

Analýza viromu třešní a višní sekvenováním nové generace a vývoj nástrojů pro specifickou detekci virů PCR

Pomocí paralelního sekvenování (next generation sequencing) bude analyzován RNA virom třešní a višní. Zároveň bude pomocí PCR zjištěn výskyt fytoplazem, které mohou vyvolávat příznaky podobné virovým infekcím. Nově nalezené viry či jejich kmeny budou molekulárně popsány a zařazeny, na jejich genomu budou vyhledávány konzervované a variabilní úseky. U identifikovaných fytoplazem bude charakterizována genetická variabilita. Na základě výsledků budou pro účely rutinní detekce vyvinuty specifické primery detekující všechny zjištěné patogeny z celkové RNA. Budou popsány případné směsné infekce virů a fytoplazem.